Setiap mahasiswa diberikan kesempatan untuk mengembangkan nalar, minat dan bakat, serta mengembangkan soft skills. Hal ini dilakukan melalui pembentukan lembaga kemahasiswaan yang terdiri dari BEM, DPM, BP, dan LPM yang memiliki fungsi dan tugasnya masing-masing. Selain LMFK, terdapat pula Badan Semi Otonom (BSO) yang membidangi masalah tertentu dan bersifat semi otonom yang berada di bawah koordinasi Ketua BEM FK. BSO terdiri dari Tim Bantuan Medis (TBM) Janar Duta, Kelompok Ilmiah Hippocrates (KIH), Kelompok Mahasiswa Peduli AIDS (KMPA), Komunitas Mahasiswa Peduli Kanker (Kompak), dan Kelompok Mahasiswa Peduli Lingkungan (KMPL).

Terdapat pula himpunan yang bergerak sesuai dengan program studi masing-masing, yaitu: Himpunan Mahasiswa Kedokteran Umum (HMKU), Himpunan Mahasiswa Kedokteran Gigi (HMKG), Himpunan Mahasiswa Ilmu Keperawatan (HMIK), Himpunan Mahasiswa Kesehatan Masyarakat (HMKM), Himpunan Mahasiswa Psikologi, dan Himpunan Mahasiswa Fisioterapi. Seluruh lembaga baik LMPK, BSO, dan HM bekerja secara sinergis dengan BEM sebagai lembaga eksekutif, DPM sebagai lembaga legislatif, LPM/lembaga pers mahasiswa, dan BP merupakan lembaga yang netral terhadap peran organisasi di FK Unud, garis komando BSO dan HM seluruhnya berada pada garis koordinasi dengan BEM serta untuk struktur organisasinya sendiri secara umum hampir sama yaitu seorang ketua, wakil, sekretaris, bendahara, kepala bidang/kepala departemen/kepala divisi, bahkan dalam BEM terdapat koordinator departemen, serta staff dari setiap bidang/departemen/divisi.

Khusus HMKU struktur organisasinya terdiri dari seorang ketua, 2 wakil ketua (wakil eksternal dan wakil internal), kepala bidang (terdiri dari 5 bidang: Pendidikan dan Profesi (PENDPRO), Pengembangan Sumber Daya Manusia (PSDM). Pengembangan Masyarakat (PENGMAS), Kesekretariatan, Humas, Informasi, dan Komunikasi (KHIK), serta Kesejahteraan Anggota dan Dana Usaha (KESDANUS). Dengan akun media sosial yang dimiliki oleh HMKU ialah sebagai berikut: instagram: @hmkufkunud, line: @hmku_fkunud, youtube: HMKU FK UNUD, website: hmku.fkunud.com.

Khusus di PSSKPD FK Unud, terdapat pengembangan minat dan bakat di bidang olah raga, seperti: program kerja minat dan bakat oleh BEM mengenai catur, basket, sepak bola, dan bulu tangkis. Dalam bidang seni terdapat minat dan bakat berupa menyanyi, menari, dan fotografi. Melalui program minat dan bakal BEM FK Unud selanjutnya ada kerjasama dengan program kerja HMKU Sport Delegation untuk menyeleksi calon-calon delegasi yang akan diperlombakan pada ajang kompetisi olahraga mapun e-sport mahasiswa Fakultas Kedokteran seluruh Indonesia. Untuk bidang ilmiah terdapat kegiatan IMO (International Medical Olympiad) dan R-IMO (Regional-IMO).